随着大型畜禽养殖场的增多，投放农田的粪污总量过了农田的消纳能力，一些找不到出路的粪便，就随意堆积造成了严重的环境污染。直到引起了政府的度重视。如今制定了很多相应的管理条例，以立法的方式对畜禽粪污的处理加以规范管理。条例规定大型的畜禽养殖场有粪便和污水的贮存、处理和利用设施，在水源附近不得堆施粪肥，污水不加处理不能随意排放等。同时发达补贴畜禽粪便加工厂，以政策引导方式推进畜禽粪便的资源化利用。

国外畜禽粪污的处理主要按照“资源化”的原则进行，采用生物法、物理法或化学法等工艺对畜禽粪污进行综合利用。常见的综合利用方式是作饲料、作肥料或作能源。能源化利用主要是作燃料，一种是将干燥后的畜禽粪污直接燃烧用来取暖和发电，另一种是将畜禽粪污厌氧发酵，生产出沼气，为生活生产提供能源。以沼气工程为核心的生态农业已被广泛推广应用。养殖场如果没有与其饲养规模相配套的土地消纳粪污，采用氮素消除技术处理粪污。畜禽粪污的饲料化利用主要是鸡粪的饲料化，国外鸡粪饲料化已商品化。

在传统农业中，畜禽粪污作为肥料被广泛应用于农业生产中，但畜禽粪污不适于直接用作肥料，在还田前需经进一步加工处理，才不会对环境和农作物造成危害。肥料化利用常见的方法有堆肥法、复合法和干燥法。如今更多的人选择使用，把畜禽粪便变成有机肥料，可再生资源。不仅变废为宝，还能从中获取收益。